审查程序中申请人可能遇到的主要手续分两类：一类是法律规定或者专利局指定申请人应当办理的申请审批手续，无正当理由不办理或者逾期办理的，申请将被视为撤回。这些手续主要有：提出实质审查请求、答复专利局的各种通知书、缴纳申请维持费；另一类是申请人可以依据法律规定，视需要选择办理的请求手续。这一类手续如果不符合要求，专利局可作出手续视为未提出处理，一般不会涉及申请本身。这些手续主要有：对申请文件的主动修改和补正、要求提前公布请求、著录项目变更申报和延长期限请求。以下对这几种手续分别进行说明：
1.提出实质审查请求
只有发明专利申请需要办理这一手续。实审请求可以在申请的同时提出，也可以在申请后提出，但最晚应当在自申请日起3年之内提出，无正当理由逾期未提出的或者因手续不合格被视为未提出的，申请将被视为撤回。提出实审请求只有缴纳实质审查费后才生效。但是提出实审请求后，未缴纳实审费的，专利局并不马上发出实审求进行审查，如果不符合要求的，将视情况发出实审请求视为未提出通知或补正通知，并写明不合格原因。申请人收到补正通知的，应当在审查员规定的期限内补正。申请人收到实审请求视为未提出通知的，应当在自申请日起3年内重新提交符合要求的新的实审请求书。实审请求经审查合格的，专利局将在专利公报上予以公布。
申请人在提出实质审查请求的同时，庆发提交申请日以前(要求优先权的在优先权日以前)与其发明有关的参考资料，没有参考资料的应当声明。该发明专利已在外国提出过申请的，应当同时提交外国对其进行检索的资料或者结果的资料；无正当理由不提交的，申请将被视为撤回；有正发理由无法提交的，应当声明并说明理由，可以在得到该项资料后补交。提交上述资料的，应当在请求书(实审请求是在申请时提出的)或实质审查请求书的文件或附件栏目中写明理由。提出实审请求时申请人可以对发明进行一次主动修改或补正。
2.答复专利局的各种通知书
在初步审查或者实质审查程序中，审查员发现申请存在明显性缺陷、格式缺陷、或者实质性缺陷时，应用补正通知书或者审查意见书的形式，通知申请人在指定的时间内对申请进行补正、修改或者对审查员指定出的缺陷陈述意见。申请人对此必须答复，无正当理由不答复的，申请将被视为撤回。申请人答复时应当注意以下各点：
(1)遵守答复期限，逾期答复和不答复后果是一样的。除发明专利申请第一次初审查意见通知书的答复期限为4个月外，其它通知书的答复期限一般为2个月，但是特别简单的手续或者为了加快程序，审查员也可以只给1个月的答复期限。申请人应当注意审查员指定的期限，并按照通知书右上角专利局盖的发文日期章，推算出答复的最后日期。答复的最后日期=发文日期+15天+指定期限申请人计算期限是，应当注意实施细则第6条的有在规定。申请人在期限内因故不能按期签复的，应当在期限届满前办理延长期限手续。
(2)针对审查意见通知书提出的问题，分类逐条答复。申请人漏答复某一方面或者某一条审查意见的，有可能被视为未按期答复，导致申请被视为撤回。答复可以表示同意审查员的意见，按照审查意见办理补正或者对申请进行修改；也可以不同意见审查员的意见，并对此进行申辩和陈述申请人的意见及理由。
属于格式或者手续方面的缺陷，一般可以通过补正消除缺陷；明显性缺陷一般难以通过补正或者修改消除，多数情况下只能就是否在和属于明显性缺陷进行申辩和陈述意见，例如：发明创造不属于专利保护的对象，发明创造违反国家法律妨害公共利益等；实质性缺陷公两类，有些可以通过修改消除缺陷，如权利要求撰写方面的缺陷、单一性方面的缺陷；有些却难以修改，如说明没有充分公布，新颖性、创造性、实用性方面的缺陷。
(3)对发明或者实用新型专利申请的补正或者修改均有得超出原说明书和权利要求书计载的范围，对外观设计专利申请的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。否则，申请可能会驳回。
(4)答复应当按照规定的格式提交文件。如补正应当有补正书，修改或陈述意见应当有意见陈述书。个别文字的补正，可以只在补正书上填是；被正内容较多的，除在补正书上填明补正情况外，还应当提交替换页。例如，审查员在补正通知书中要求重新打印说明书第二页，申请人在补正时，应当提交补正书和重新打印清楚的说明书第二页。在补正书的“文件名称”栏目中填写“说明书”，在“页”栏目中填写“P，2”在“补正前”栏目中填写“不清楚”在“补正后”栏目中填写“重新打印”。
文件中个别字的增、删或修改也可以直接在意见陈述书中说明；修改内容较多时，除在意见陈述书中说明外，还应当提交替换页，替换页应当订在意见陈述书后面。申请人使用补正书还是意见陈述书，应当根据审查员要求选用。一般补正形式问题或手续方面的问题使用补正书，修改申请的实质内容使用意见陈述书，申请人 同意审查员意见，进行申辩时使用意见陈述书。
3.缴纳申请维持费
这项手续只有发明专利申请需要办理。发明专利申请自申请日起满二的尚未被批准的，从第三年度起申请人应当按年度每年缴纳申请维持费。第一次申请维持费应当在第三年度开始的第一个月内缴纳，以后各年度的申请维持应当在上一年度期满前一个月人预缴。
年度是以申请日为起点计算的。例如：某件申请的申请日为1988.5.12，则从1988.5.12为第一年度，从1989.5.12~1989.5.12为第二年度，从1990.5.12~1991.5.12为第三年度，以此类推。若该申请到1990.5.12尚未被批准，则从第三年度起应当每年缴纳申请维持费。第一次缴纳申请维持费日期为1990.5.12~6.12的一个月内，以后各年度的申请维持费应当在每年的4.13~5.12的一个月内预缴。
申请人若未在规定时间内缴纳申请维持费的，专利法规定应当给予一个滞纳期，但是在滞纳期内缴费的，要加收25%的滞纳金。申请维持费滞纳期从法律规定的应当缴纳申请维持费之日起算为半年。超过了滞纳期尚未缴纳或缴纳不足的，该申请被视为撤回。为了防止申请人万一遗忘缴纳申请维持费而导致申请被视为撤回，专利法实施细则规定：对在应缴日期以后尚未缴费的申请人，专利局应当通知申请人缴纳申请维持费和滞纳金。这种书面的缴费通知一般在缴日期后2~3个月内发出。申请维持费按照规定可以请求减缓。
4.请求提前公布
请求提前公布是申请人可以视情况选择的一项手续，它只适用于发明专利申请。
专利法规定：发明专利申请按正常程序应当在申请日以后满18个月才予以公布。公布以后申请人可以获得临时保护的权利，申请的内容将成为现有技术的一部分。申请人出于下列种种考虑，可以请求提前公布其申请。
(1)为了尽快将发明推向市场，寻找合适的买方，需要尽早公布发明内容。
(2)为了制止他人无偿利用其申请专利的发明，需要及早获得临时保护。
(3)在提出实审请求以前，获得一段尽可能长的时间来听取市场和公众的意见，以便定是否提出实审请求。
(4)通过请求提前公布其发明专利申请的内容，防止他人就类似发明获得专利。
申请人请求提前公布的应当提交“要求提前公布声明”一式两份，并写明要求提前公布的申请的申请号、发明名称和其他必要的著录项目。要求提前公布声明应当有申请人签章，委托专利代理的可以由专利代理机构签章，多个申请人又未委托专利代理的，可以由申请人代表人签章。
声明生效后，专利局将在申请文件初审合格以后尽早予以公布。
5.对申请文件的主动修改和补正
对申请文件的主动修改和补正也是申请人可以视需要选择的一项手续。
申请文件存在各种缺陷时，申请人可以主动提出补正或者在实施细则规定的时间内主动提出修改。补正主要是对申请存在的形式或格式上的缺陷，或者手续上的缺陷进行补正。例如：原文件未使用专利局制定的统一表格，可以主动站正提交合格的文件；原请求书未签章，可以通过主动补正提交经签章的请求书；申请委托有专利代理机构的，若申请时未提交专利代理委托书，可以主动补正提交专利代理委托书。修改主要是指对申请内容的修改。实用新型和外观设主专利申请只允许在申请日起3个月内，提出主动修改；发明专利申请仅允许在提出实审请求和答复审查员的第一次审查意见书时可以对申请文件进行主动修改。在上述规定期限之外提出的主动修改，专利局将作出视为未提出和处理。对请求书的修改要通过专门的著录项目变更手续进行，不能按照这里所说的主动修改的手续办理。对权利要求书的修改应当以说明书为依据。申请人可以修改权利要求的前序部分，也可以修改其特征部分，使其更准确地与发明内容相适应或更符合逻辑。为了使专利申请符合单一性的要求或加强保护，申请人也可以增删权利要求书中的权利要求。
对说明书的修改一般来说主要限于非实质性的部分，例如，发明名称、背景技术、发明所属的技术领域、图面说明和摘要等。这些部分可以根据说明收实质部分的内容作修改，使芙与发明主题更适合，使公众与审查员更容易理解发明。对说明书实质部分即发明目的、技术解决方案、效果和实施例的修改一般是不允许的，人有在很特殊的情况下可以考虑。例如，发明目的与技术解决方案明显不相适应，可以依据技术方案对发明目的作适当修改；在申请有符合单一性的情况下，修改说明书，使其符合单一性的要求；将申请时仅写在权利要求书中的内容补写到说明书中等。对外观设计图片或者照片的修改，只限于对不清晰的线条描清，涂覆不能予以保护的文字，或对视图的明显差错和不一致进行改正。
任何主动修改或补正都不得超出原申请记载或表示的范围。主动修改或补正能否补正能否接受收审查员决定。主动修改或补正应使用意见陈述书或补正书，说明修改、补正的文件名称、页数、位置及修改理由；被修改部分应打印在替换页上，附在意见陈述书或补正书后面。
6.著录项目变更手续
著录项目变更手续也是申请人可以视需要选择的一项手续。
申请人提出申请以后，请求书中填报的发明人、申请人、专利代理机构及发明名称等内容都不能随便更改，需要更改的要办理著录项目变更手续。
办理著录项目变更手续时，应当向专利局提交著录项目变更申报书，在其中填明变更的项目及变更前后的情况，涉及发明人、申请人、专利代理机构变更的，还需要附具说明变更理由的证明材料并缴纳规定的费用。具体要求说明职下：
(一) 变更发明创造名称
发明创造名称既是请求书的一部分内容，又是说明书的一部分内容。所以变更发明创造名称的，除提交著录项目这更申报书以外，还应当附具意见陈述书，说明变更理由，经审查员同意才能办理变更手续。
(2)发明人、设计人的变更
发明人、设计人的变更分两种情况：一种是发明人、设计人姓名的变更，这只是一种名义的变更，不涉及权利的变化。变更发明人、设计人姓名的，除提交著录项目变更申报书以外，还应当附具户籍部门出具的有关更改姓名的证明。另一种是发明人、设计人变更。
由于发明权不以转让、继承，所以发明人的变更(包括人数增减)主要是由于申请人申报不当或由于发明权争议发生的。
由于申报不当需要变更发明人的，应当由申请人代为办理变更手续，除提交著录项目变更申报书以外，并应当附具申报不当情况的详细说明以及应予改正的证胆或者其它发明人的旁证。
对发明权有争议的，应当请求专利管理机关调处或向人民法院起诉。经过专利管理机磁调处或人民法院裁决后归还发明权的，合法的发明人可以凭发生法律效力的处理决定或判决书，请求专利局办理著录项目变更手续。
(3)申请人(或专利权人)的变更
申请人(或专利芭人)的变更主要有五种情况：
①申请人姓名或者名称的变更
申请人是个人的，变更姓名时除提交著录项目变更申报书以外，还应附具户籍部门出具的更改姓名的证明；申请人是单位的，变更单位名称时，除提交申报书外，还应附具主管部门同意改变名称的批文，或者在工商行政管理部门改变名称的登记证明。
②继承或赠与申请权
由于原申请人死亡，按照继承地通过继承获得申请权的，办理变更手续时除提交著录项目变更申报书以外，并应当附具经公证的其它合法继承人表示同意或表示放弃的声明。
申请人自愿将申请权赠与他人的，受赠人办理变更手续时除提交著录项目变更申报书以外，并应当附具经公证的赠与证明；申请人办理变更手续时除提交著录项目变更申报书以外，还应当附具经公证的受赠人的接受声明。
③转让申请权
通过转让获得申请权的权利人，办理变更手续时除提交著录项目变更申报书以外，并应当附具由双方签章的有效的转让合同，必要时，专利局可以要求对合同公证。申请人是全民所有制单位的，还需要地方市级以上主管部门同意转让的指示。我国申请人转让给外国人或外国单位的，需要由国务院主管部门批准。外国人之间转让，或外国人转让给中国单位或个人的，其转让合同应当经转让地公证机关公证。
④转移申请权
有权申请的人或单位被他人非法侵夺申请权后，经过专利管理机关调处或人民法院裁决后归还申请权的，合法申请人可以凭专利管理机关的已经发生法律效力的处理决定，或者人民法院的生效的判决书办理申请人变更手续。
⑤改正申报的差错
于原申请人在申请时请求书填写不当，漏填或者错填申请人，要求通过办理著录项目变更改正差错的，应当由原申请人提出，除提交著录项目变更申报书以外并附具原申报不当的详细说明或者就予改正的或证明。
申请人变更后，原申请人办理的各种已经生效的法律手续对变更后的申请人具有约束力。但是专利代理委托关系中止，变更后的申请人要委托专利代理的，应当重新办理专利代理委托手续。在有多个申请人的情况下，如果变更的只是部分申请人的专利代理委托关系，也可以不中止，但是新增加的申请人应当补办专利代理委托手续，提交经其签章的专利代理委托书。
(4)专利代理机构的变更
专利代理机构的变更包括申请人要求撤销或者更换专利代理机构，以及专利代理机构本身名称地址变更两类情况。
①申请人要求更换专利代理机构，应当提交著录项目变更申报书并附具撤销售原专利代理机构的解聘书，及委托新的专利代理机构的专利代理委托书。撤销原专利代理机构的解聘书应当一式两份，一份提交专利局，一份送达原专利代理机构。解聘书没有统一格式可由申请人行打印后，签章生效。申请人要求更换声音代理机构需要缴纳变更手续费。
②专利代理机构本身改变名称或地址，应当同时办理两年事：一是向专利局专利代理管理处备案，二是对代理的每件申请案办理著录项目变更手续，改变名称的需要有主管部门批准的证明。专利代理机构变更名称需要缴纳规定的费用。
(5)其它的项目变更
主要的还有申请人或者专利代理机构地址的变更，单位指定的联系人或代理机构指定的代理机构的代理人的更换及变更，申请人或专利代理机构印鉴式样的变更等。这些变更一般不要求附具证明，只要申请人或专利代理机构提交经过签章的著录项目变更申报书就可以办理。
